มหาวิทยาลัยแม่ฟ้าหลวง ได้รับการสถาปนาเป็นมหาวิทยาลัยของรัฐตามพระราชบัญญัติจัดตั้ง เมื่อวันที่ 25 กันยายน 2541 โดยมีสถานภาพเป็นมหาวิทยาลัยของรัฐที่มิใช่ส่วนราชการ การดำเนินการด้านต่าง ได้มีการพัฒนามาเป็นลำดับ ด้วยความมั่นคงและมีคุณภาพ จวบจนถึงวันที่ 3 กุมภาพันธ์ 2547 พระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัว ฯได้ทรงมีพระมหากรุณาธิคุณโปรดเกล้าฯให้สมเด็จพระเทพรัตนราชสุดาฯสยามบรมราชกุมารีเสด็จพระราชดำเนินแทนพระองค์ประกอบพิธีเปิดมหาวิทยาลัยแม่ฟ้าหลวง พิธีเปิดศูนย์ภาษาและวัฒนธรรมจีนสิรินธร และพระราชทานปริญญาบัตรแก่ผู้สำเร็จการศึกษาประจำปีการศึกษา 2545 ยังความปลื้มปิติสำนึกในพระมหากรุณาธิคุณเป็นล้นพ้น

ปณิธาน มหาวิทยาลัยแม่ฟ้าหลวงจะเป็นแหล่งสืบสานพระราชปณิธานของสมเด็จพระศรีนครินทราบรมราชชนนีที่จะ"สร้างคน สร้างความรู้ สร้างคุณภาพ"อนุรักษ์และฟื้นฟูธรรมชาติและสิ่งแวดล้อมพัฒนาคุณภาพชีวิตผู้ด้อยโอกาสด้วยการให้การศึกษาระดับสูงเพื่อพัฒนาทรัพยากรบุคคลที่มีคุณภาพแสวงหาองค์ความรู้ใหม่เพื่อพัฒนาบ้านเมืองและธำรงไว้ซึ่งประเพณีและศิลปวัฒนธรรมที่ดีงามของชาติพันธุ์ต่างๆในภาคเหนือและ ภูมิภาคลุ่มแม่น้ำโขงตอนบนวิสัยทัศน์ มหาวิทยาลัยแม่ฟ้าหลวง จะเป็นมหาวิทยาลัยขนาดกลางที่มีคุณภาพและมาตรฐานการศึกษาในระดับสากล มีความเป็นเลิศในศิลปะและวิทยาการสาขาต่างๆ เพื่อเป็นแหล่งผลิตและพัฒนาทรัพยากรมนุษย์ที่มีคุณภาพของประเทศและอนุภูมิภาคลุ่มแม่น้ำโขง รวมทั้งเป็นแหล่งสร้างสมและพัฒนาองค์ความรู้ในด้านต่างๆ ควบคู่กันไปกับการนำองค์ความรู้ในมหาวิทยาลัยออกไปสู่การประยุกต์ใช้ในสังคมและภาคอุตสาหกรรมของประเทศในขณะเดียวกันก็มุ่งเน้นการศึกษาและพัฒนาศิลปวัฒนธรรมของชาติ
ภารกิจ มหาวิทยาลัยแม่ฟ้าหลวงเป็นสถาบันอุดมศึกษาในกำกับของรัฐ ตามพระราชบัญญัติ มหาวิทยาลัยแม่ฟ้าหลวง พุทธศักราช 2541 มีฐานะเป็นนิติบุคคลที่มีพันธกิจหลักที่สำคัญของความเป็นสถาบันอุดมศึกษา 4 ประการ คือ 1. การผลิตบัณฑิต2. การวิจัย3. การบริการวิชาการแก่สังคม4. การทำนุบำรุงศิลปวัฒนธรรมและอนุรักษ์สิ่งแวดล้อม